מרכז הצפרות הישראלי של החברה להגנת הטבע נוסד בשנת 1980 ועוסק בקידום הצפרות בישראל. החל משנת 1980 התפתח מרכז הצפרות לארגון חשוב ומרכזי העוסק בשמירת טבע, מחקר, חינוך ופעילויות תיירות טבע אשר מטרתם העיקרית הגנה ושמירה על העופות בישראל. עיקר עיסוקו של המרכז בשימור מינים בסיכון, ובשימור בתי הגידול החשובים לקיומם. כיוון שהציפורים מצויות בכל העולם וכמעט בכל סוגי בתי הגידול וכיוון שאנשים מכל רחבי העולם נהנים לצפות בהן - קל ונוח לחנך באמצעות הציפורים גם לשמירת טבע באופן כללי.
המטרה העיקרית של מרכז הצפרות הינה לשמור על מגוון המינים והמשאבים הטבעיים של ישראל דרך הפעילויות השונות של מרכז הצפרות, בדגש על ציפורים. בנוסף מרכז הצפרות מייחס חשיבות רבה ביותר גם לשילוב מחקר, שמירת טבע, חינוך ותיירות טבע בתוך הפעילויות, וכתוצאה מכך מתקבלים פרוייקטים עשירים ומגוונים מאוד.
התחנה לחקר ציפורי ירושלים I התחנה ממוקמת בקרית הלאום בליבה של ירושלים. התחנה מפעילה תחנת טיבוע ועוסקת בחקר נדידת ציפורי השיר, שמירה על אתרי טבע עירוניים, הדרכת טיולים וביוטופים.
המרכז לאקולוגיה ולימודי מדבר בחצבה I המרכז לאקולוגיה ולימודי מדבר בחצבה עוסק במחקר, חינוך ושמירת טבע. המרכז מתמקד בחקר ציפורים יציבות, ובעיקר בחקר האקולוגיה וההתנהגות החברתית של הזנבן הערבי, ציפור שיר החיה בקבוצות לאורך השבר הסורי-אפריקני. המרכז מציע מגוון פעילויות לקבוצות מכל הגילאים, קורסים אקדמאים, והשתלמויות מורים וגננות. כמו כן מקיים המרכז פעילות לקהל הרחב: תצפיות בבעלי חיים, טיולי משפחות, טיולים למיטיבי לכת, טיולי אתגר ועוד.
צפרות בפארק לכיש I לאורך גדות נחל לכיש, הנושק לעיר אשדוד מצפון, מתקיימת מערכת טבעית יחודית, המשופעת בעופות מים רבים ובמערכת אקולוגית עשירה, הכוללת גם מיני דגים, דו-חיים, זוחלים ויונקים. רוב מיני הביצה מסתתרים מאד, ורק בשיטות מיוחדות ניתן להכירם מקרוב. החברה להגנת הטבע מפעילה בפארק לכיש פעילויות לכל המשפחה, ללא תשלום.
מרכז צפרות מים ונחלים במעגן מיכאל I החברה להגנת הטבע מקיימת סיורים ופעילויות צפרות באזור בריכות הדגים בקיבוץ מעגן מיכאל.
